De Tweede Fase en het Studiehuis houden wel verband met elkaar, maar zijn wezenlijk verschillend. De Tweede Fase is vooral een inhoudelijke verandering: ze betreft een aantal vakken, de inhoud ervan, de hoeveelheid tijd die ervoor beschikbaar is, de wijze van toetsing etc. Het Studiehuis is de benaming voor een manier van werken en leren, die de leerlingen goed moet voorbereiden op de hogeschool en de universiteit door hen al op de middelbare school zelfstandig te leren werken en vooral te ‘leren leren’. De Tweede Fase is wettelijk verplicht en de inrichting ervan is grotendeels door de overheid voorgeschreven. De inrichting van het Studiehuis wordt vrijwel geheel aan de school overgelaten. Wel is het zo dat bepaalde onderdelen van de Tweede Fase min of meer met zich meebrengen dat ook een vorm van het Studiehuis wordt ingevoerd. De Tweede Fase is namelijk - veel meer dan het vroegere onderwijs - gericht op zelfstandigheid van de leerlingen en vereist niet alleen kennis maar ook vaardigheden. Zo bevatten vele vakken een ‘handelingsdeel’: een of meer opdrachten die grotendeels zelfstandig uitgevoerd moeten worden en die naar behoren voltooid moeten zijn. ‘Praktische opdrachten’ en het ‘profielwerkstuk’ zijn ook dergelijke zelfstandig opdrachten.